Για τις επόμενες περιόδους δε γνωρίζουμε πολλά πράγματα, εκτός από το ότι το νησί μετά τους Περσικούς πολέμους εντάχθηκε στην Αθηναϊκή Συμμαχία, όπως τα περισσότερα νησιά των Κυκλάδων, με το όνομα Κέρεια. Κατά τη διάρκεια του Μεσαίωνα η Κέρος, όπως και όλο το σύμπλεγμα των Μικρών Ανατολικών Κυκλάδων, αποτελούσε βάση και κρησφύγετο των πειρατών, με αποτέλεσμα η οικονομία και η ζωή των κατοίκων του να καθορίζεται από τις εξελίξεις της πειρατείας.
Σήμερα, οι μόνες ενδείξεις ζωής πάνω στο νησί είναι κάποια καταλύματα στη θέση «Κονάκια» στο μέσο της βόρειας ακτής, για τους κτηνοτρόφους που εποχικά επισκέπτονται το νησί, καθώς και μικρά ξωκκλήσια (Κονάκια, Παναγίτσα). Ένα πολύ πρόχειρο οδικό δίκτυο από σχετικά βατούς και στενούς χωματόδρομους διασχίζει το κέντρο του νησιού και χρησιμοποιείται μόνο από τους κτηνοτρόφους. Επίσης στο Δασκαλιό έχει εντοπιστεί εκτεταμένος οχυρωμένος οικισμός της ίδιας εποχής.
Η Κέρος, λόγω αυτού του πολιτιστικού της πλούτου έχει λεηλατηθεί επανειλημμένα κατά το παρελθόν από αρχαιοκάπηλους. Τέλος, από εκεί προέρχεται ο λεγόμενος «Θησαυρός της Κέρου», όπου παλαιότερα ανήκε στην συλλογή Ερλενμάγερ ενώ σήμερα, το μεγαλύτερο τμήμα του βρίσκεται στο Μουσείο Κυκλαδικής Τέχνης.
Συστηματικές ανασκαφές διενεργήθηκαν από την Αρχαιολογική Υπηρεσία το 1963, το 1967. Ευρήματα από την Κέρο εκτίθενται στο Μουσείο της Νάξου. Την 10ετία του 2000 πλήθος αρχαιολογικών ευρημάτων είδαν το φως υπό τις έρευνες της ομάδας του αρχαιολόγου καθηγητή Colin Renfrew.
Αρχαιολογικές εκθέσεις από τα ευρήματα της Κέρου, πραγματοποιούνται στη μουσειακή αίθουσα που βρίσκεται στη κεντρική παραλία του νησιού μας.
Μια σπάνια εμπειρία για κάθε επισκέπτη στο Κουφονήσι είναι οι βραδιές με πανσέληνο όπου η θέα της Κέρου μοιάζει με το περίγραμμα ξαπλωμένου ζευγαριού. Η γυναίκα έγκυος ξαπλωμένη με τελείως ξεκάθαρη τη φιγούρα της και ενωμένη κεφάλι με κεφάλι με τον άντρα, του οποίου η προτομή διακρίνεται καθαρά.
Η Κέρος σήμερα είναι ακατοίκητη και καθόλου προσβάσιμη για τους παραθεριστές, λόγω των αρχαιολογικών ανασκαφών που γίνονται κατά καιρούς. Σύμφωνα με τους ντόπιους, η ενέργεια που εκπέμπει αυτό το νησί δημιουργεί αυτή την ευχάριστη διάθεση και ηρεμία που αναδύουν τα Κουφονήσια.